Le Lycée Français Marcel Pagnol d’Abuja fait partie d’un réseau  de 522 établissements scolaires français établis dans le monde et qui dépendent de l’AEFE (l’Agence pour l’Enseignement Français à l’Étranger), opérateur public sous la tutelle du Ministère français des Affaires Étrangères.

L’AEFE dans sa mission pédagogique et éducative de pilotage des établissements scolaires travaille en étroite relation avec le Ministère français de l’Éducation nationale qui met à disposition des établissements, des personnels enseignants et administratifs. Tous ces personnels sont des fonctionnaires français expérimentés, formés et contrôlés par l’Éducation Nationale.

Le Conseiller de Coopération et d’Action Culturelle est l’autorité locale représentant les deux ministères, par délégation de M. l’Ambassadeur de France. 

L’établissement est dirigé pour la pédagogie, l’organisation scolaire et les examens  par le Proviseur du Lycée assisté d’un enseignant à mission de formation pour  le Primaire, d’une Conseillère Principale d’Education pour le Secondaire et d’une Directrice Administrative et Financière pour les questions matérielles.

Les décisions concernant ces domaines sont débattues dans une instance représentative : Le Conseil d’Etablissement

L’établissement est géré pour son entretien matériel, les infrastructures d’accueil et le personnel par un Comité de Gestion émanation de l’association gestionnaire de l’école : L’ ALFMPA.